南京市中西医结合医院儿科是国家中医重点专科 ，是目前南京城东地区的儿童诊疗中心，同时为南京市儿童医院城东分院所在地。
该科现有儿科专业资深医师 20人，其中高级职称9人，硕士10人，博士2人，承担南京中医药大学本科生及研究生临床教学和床边教学工作，与南京儿童医院、江苏省中医院在医、教、研方面紧密合作。
随着中西医结合诊疗水平的不断提升和软硬件实力的不断增强，该科对儿童常见病、疑难、危重病症的抢救及儿童预防、保健、康复等方面均积累了丰富的临床经验，特别是对小儿反复呼吸道感染、小儿哮喘、小儿过敏性鼻炎、腺样体肥大，以及小儿消化不良、小儿厌食症、小儿遗尿、小儿抽动症、小儿多动症、小儿自闭、儿童性早熟、矮小症等疾病的治疗形成了中西医结合的独特治疗模式，并取得了较为满意的疗效，得到了患儿家长的肯定，社会美誉度不断提升。
该科承担各级科研项目十余项 ，其中南京市“十二五”重大课题项目1项。